مأموریت عمده موسسه در چهار چوب موضوعات یاد شده به طور مشخص به قرار زیر می باشد:
الف- شناسایی نیازهای فن آوری کشور در زمینه های تحقیقاتی- صنعتی و رفع آنها از طریق انعقاد قراردادهای معین و تجاری نمودن دستاوردهای تحقیقاتی مؤسسات و مراکز تحت پوشش وزارت جهاد کشاورزی.
ب- ایجاد زمینه های انگیزش قوی در نیروی انسانی و جلب مشارکت هرچه بیشتر همکاران در تحقق اهداف موسسه.
ج- مشارکت فعال و جدی در اجرای طرحهای بزرگ صنعتی کشور به ویژه طرحهای ملی و پروژه های مرتبط با نیازهای بخش کشاورزی .
د- ایجاد بستر و رشد همکاری با بخشهای تعاونی و خصوصی مستعد .
ﻫ- ایجاد زمینه های لازم برای صدور خدمات فنی- مهندسی و محصولات صنعتی به کشورهای منطقه، بازارهای بین المللی و بازارهای جهانی.